计算机模拟技术大显身手
NDSSL是弗吉尼亚理工大学生物信息学院的一个内部组织,他们开发了世界上最强大的流行病分析工具。目前,这套工具已经被美国健康与社会服务部(Department of Health and Human Services (HHS))采用。
“我们对包括关闭学校、工厂在内等各种疫情隔离措施做了详细的模拟研究。”NDSSL的Chris Barrett说。“研究表明针对儿童的社交隔离措施将是最有效的。这种隔离所起到的效果甚至能与预先研制高效的流感疫苗起到同等的作用。因此关闭学校是防止流感疫情进一步扩大的重要措施。不过,如果我们只是关闭单间学校,那么其效用便会降低大半。”
本周早些时候,纽约一家学校在确认发现猪流感疫情后被迫关闭,另外两家学校获知消息后也自觉停课。不过该地区其它的学校则照常运转。
世卫组织已经将猪流感疫情的威胁等级调高到紧邻全球流行病的等级。
“目前为止已经有部分学校因为发现流感疫情而被迫关闭,不过我们的模型却不仅可以模拟出关闭一间学校的结果,还可以分析出关闭更多学校的结果。”NDSSL的副主任Stephen Eubank说。
美国健康部目前还没有准备采用进一步的社交隔离措施,这种隔离措施可以有效控制流感疫情在美国的传播速度。不过,如果美国所有学校都实施停课,而美国政府也关闭边境的话,那么别的国家将不得不采取同样的措施以防止流感疫情的全球性蔓延。
“如果病毒在其它的国家失去了控制,那么我们所能做的就只有降低其蔓延速度,”Barrett说,“不过,如果我们能有效降低病毒的蔓延速度,比如拖住6个月,那么我们也许就有足够的时间能研发出有效的流感疫苗。”
但科学家目前对猪流感病毒仍然知之甚少,不足以在短期内开发出有效的流感疫苗。我们现在只知道H1N1流感病毒中具备人、猪以及禽流感病毒的成分。这样NDSSL便只能采用近似禽流感的模型进行模拟。猪流感H1N1的代号表示病毒通过一类血凝素(H)进入健康细胞,并在健康细胞内部复制病毒本体,复制成功后再通过一类神经氨酸酶(N)离开该细胞以便感染下一个健康细胞。
“目前为止,我们还没有搞清楚病毒的孵化期有多长,而病患的传染性将持续多久也并不明了”Barrett说,“不过我们知道在美国发现的H1N1病毒相比在墨西哥发现的已经致人死亡的H1N1病毒而言表现更为温和。”
NDSSL宣称由于目前猪流感病毒的一些未知特性使模拟过程变得更复杂,“我们不得不尝试各种不同的变量值,因此模拟的结果包含多种不同的可能性,对各种不同的可能性,计算机模拟都给出了能最有效防止疫情扩散的措施。”
目前为止美国已经确认了100多例感染猪流感的病患,其中有一名病患已经死亡。
NDSSL的模拟工具中包含Simfrastructure模型,这个模型可以有效分析各种隔离干涉措施对疫情控制所能起到的效用,更方便决策者们按模拟情况作出决定。工具中的另一个模型Simdemics则负责模拟环境参数,它可以通过计算机网络进行分布式计算。
Barrett称,以前,只有在气象、海洋研究以及核工业领域才会使用到这类高级计算机工具。
使用实验室目前的计算机设备来模拟单一一个具备两千万个社交结点的美国大城市只需要1秒钟。工具中的Simfrastructure和Simdemics模块分布在8个超级计算机簇上运行,在这几个簇中总共包含了1200颗处理器,内存总容量达到了200GB之多,而硬盘总容量则接近1批比特(petabyte 10的15次方字节,相当1千块1TB硬盘的总容量)。
Simfrastructure和Simdemics模块使用并行计算机阵列来模拟美国大都市中每一位市民的移动状况,并可以与其它上千万市民个体的数据进行互动,这样就能模拟出病毒在人群中的传染状况。
美国健康与社会服务部(Department of Health and Human Services (HHS))正使用此模拟工具计算各种不同的疫情传播结果,以便决定采取何种措施降低疫情的影响。
为了防止流感疫情的进一步扩散,弗吉尼亚理工学院已经向美国健康与社会服务部以及其它政府部门提供了这款模拟工具。这套工具不但能模拟病毒传染过程,还可以对政府的防疫干涉措施对经济造成的影响进行评估。
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